TÜRKİYE'NİN EN BÜYÜK GENOM ÇALIŞMALARINDAN BİRİ: KOVİD-19'DA MERAK EDİLEN O SORULARIN CEVABINI VERECEK

Hasret YURTÇU KARABULUT, Özgür KUMANOVALI/ DHA, (İstanbul)- KORONAVİRÜS Türkiye‘ye mahsus varyant var mı, ya da hastalığın şiddetini belirleyen ögeler genetik özelliklerimizde gizli olabilir mi? Salgının başladığı günden beri bilim dünyasının en merak ettiği bu iki sorunun karşılığı, Sıhhat Bilimleri Üniversitesi (SBÜ) Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi’ndeki 20 kişilik grubun yürüttüğü genom çalışmaları ile ortaya çıkacak. Şimdiye dek Türkiye’nin her bölgesinden 500 hastadan alınan örneklerin incelendiği çalışmada amaç, birkaç bunun iki katına ulaşmak. Araştırmada hem virüsün, hem de alınan örneklerden hastaların genom tahlilleri yapılıyor. SBÜ Biyoistatistik ve Biyoinformatik Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü Dr. Faruk Berat Akçeşme, çalışmanın tüm ayrıntılarını birinci kere Demirören Haber Ajansı’na anlattı.

Salgının üzerinden 1,5 yıldan fazla bir müddetin geçtiği bugünlerde tüm dünyada, farklı devirlerde koronavirüsün değişik varyantları baskın hale geldi. Son olarak, birinci sefer Hindistan’da ortaya çıkan ve artık ABD’den İngiltere’ye, hatta Türkiye’ye dek pekçok ülkede baskın hale gelen Delta varyantı nedeniyle pekçok bilim otoritesi hem aşılama programları hem de PCR test kitlerinde dahi kimi değişikliklere gidilmesini önerdi. Tüm bu süreçte hadise sayılarının vakit zaman yüksek seyrettiği Türkiye’de, ülkemize has bir varyant gelişti mi; bunun incelemesine dair Türkiye’nin en büyük genom araştırmalarından biri, geçtiğimiz Aralık ayından bu yana Sıhhat Bilimleri Üniversitesi’ndeki (SBÜ) bilim insanları tarafından yürütülüyor.

HASTALIĞIN ŞİDDETİNİ GENLERİMİZ Mİ BELİRİLİYOR?

Birkaç ay sonra birinci sonuçların alınacağı varsayım edilen araştırmada, koronavirüse dair yalnızca Türkiye’ye has bir varyant tahlili değil, hastalığın şiddetinin kişinin genetik özelliklerine nazaran değişip değişmediği de araştırılıyor. SBÜ Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi’ndeki laboratuvarlarda 20 kişilik grupla yürütülen çalışma için, üniversiteye afiliye pekçok eğitim ve araştırma hastanesinden tabiplerle de işbirliği yapılıyor. Çalışmanın ayrıntılarını birinci sefer Demirören Haber Ajansı’na anlatan SBÜ Hamidiye Tıp Fakültesi Biyoistatistik ve Tıbbi Bilişim Anabilim Kısmı Lideri ve Biyoistatistik ve Biyoinformatik Araştırma ve Uygulama Merkezi Müdürü Dr. Faruk Berat Akçeşme çalışmadan elde edilecek sonuçların, Kovid-19 hastalığının teşhisinden tedavisine pekçok ezberi değiştirebileceğine işaret etti.

TÜRKİYE’YE MAHSUS VARYANT VAR MI BUNUN DA CEVABI ARANIYOR

Dr. Akçeşme, ‘Dünyanın her yerinde yapıldığı üzere ülkemizde de genom çalışmaları yapılıyor. Biz de bu genom çalışmalarından en büyüklerinden birini yapıyoruz. Genom çalışmalarında varyant tespitleri çok stratejik ehemmiyete sahip. Dünyanın her yerinde Kovid-19 için biyolojik data bankaları var. Buralara dünyanın her yerinden yüklenen genom verileri var. Biz de ülkemizin farklı coğrafyalarından topladığımız numunelerden o numunelere ilişkin genomları izole ederek bu genomlar üzerinde varyasyon tahlilleri yapıyoruz. Gayemiz dünyadaki farklı varyasyonların ülkemizde görülüp görülmediğini tespit etmek, ayrıyeten Türkiye’de, dünyada şimdiye kadar hiç görülmemiş özgün bir varyasyon var mı, bunun karşılığını bulmak. Bunda da aslında en son emel, numuneleri temin ettiğimiz doktorlarımıza bir geri bildirimde bulunarak, hastaların hangi virüsle enfekte olduklarını ve hastalığa ilişkin prognozun (gidişatın) varyantlarla ne biçimde bağı olduğuna dair bir bilgi oluşturmak” dedi.

ÜLKENİN HER YERİNDEN 1000’DEN FAZLA ÖRNEK İNCELENECEK

Sıhhat Bilimleri Üniversitesi olarak Türkiye’nin farklı bölgelerinde onlarca afiliye olmuş eğitim ve araştırma hastaneleri ile çalışma avantajları olduğuna da dikkat çeken Dr. Akçeşme, şu bilgileri verdi: ‘Bu eğitim araştırma hastanelerindeki kimi tabip arkadaşlarla ortak çalışma yürütüyoruz. Şimdiye dek Erzurum, Trabzon, Adana Konya, İzmir ve Sakarya’dan numuneler aldık. Şu anda numune sayımız 500’ü geçti. Bunların tamamının varyasyon tahlilleri yapılıyor. Gayemiz 1000 örneğe ulaşmak, hatta bunu da geçmek.”

HASTALIĞIN NASIL SEYREDECEĞİ BİR GENETİK TESTLE BELİRLENEBİLİR

Projenin ikinci ayağının çok daha değerli olduğuna dikkat çeken Dr. Akçeşme, bunu da şu biçimde açıkladı: “Acaba hastalığın şiddetini belirleyen bir genetik belirleyici var mı? Türkiye üzere genetik heterojenitesi (çeşitliliği) çok yüksek olan ülkelerde bu soru daha mana kazanıyor aslında. Çünkü Kovid-19 hastalığının şiddetini etkileyen bu türlü bir genetik belirleyiciler varsa, bunu tespit etmemiz çok stratejik ehemmiyet söz ediyor. Aşılara karşılığımız, hastalığın şiddetinin nasıl olacağı, hastanın tedaviye vereceği cevap, bunları bizim birtakım genetik faktörlerimiz etkileyebiliyor. İşte biz bu minvalde Türkiye’nin yeniden farklı coğrafyalarından 5 farklı hasta kategorisine ilişkin numune temin ettik. Bunlar, ağır bakımda yatan hastalar, ağır bakımda kaybedilen hastalar, hastane muhtaçlığı olmuş fakat ağır bakıma girmemiş hastalar ya da Kovid’e hiç yakalanmamış, birinci derece akrabalarında da hiç Kovid görülmemiş bireylerin numunelerini farklı kategorilerde topladık. Bunların da genom tahlillerini yaparak, biyoinformatik tahlillerle sanki onların genomlarında bu hastalığın şiddetini farklılaştıran bir genetik belirleyici var mı, onu inceliyoruz. Hastanın Kovid’i hangi şiddette, ne formda geçireceği bir doktor tarafından genetik bir testle anlaşılabilirse, daha hasta hastaneye intikal eder etmez onun şahsileştirilmiş bir tedavi formülü ile tedavi edilmesi sağlanabilir. Esasen bilim dünyasının aslında bu alanda yeni yaklaşımı bu. Hasebiyle genom tahlilleri çok değerli hale geldi.”

‘PCR TESTLERİNİ GÜVENİRLİĞİ DE GENOM TAHLİLLERİ İLE BELİRLENEBİLİR”

Sıhhat Bilimleri Üniversitesi bünyesinde 20 kişilik bir takımla geçtiğimiz Aralık ayından bu yana bu proje üzerinde çalışmalar yürüten Dr. Akçeşme, çalışma sonuçlarının PCR test kitlerinin güncellenmesi açısından da ehemmiyet arz ettiğini söyleyerek kelamlarını şöyle noktaladı: “Eylül-Ekim ayı itibariyle insan genomu okumayı tamamlayacağız. Daha sonra biyoinformatik tahliller etabı var. Bu da eş vakitli olarak yapılıyor. Kısmet olursa bir genetik belirleyici tespit edebilirsek bunu 2-3 ay içinde çok kıymetli bir yayına dönüştürmeyi planlıyoruz. Yeni oluşan varyasyonlarla, virüsün yeni kazandığı özelliklerle PCR testinin güvenirliği de değişebiliyor. Çünkü PCR, teknik olarak zati genomun aşikâr bir bölgesini hedefleyen bir tekniktir. Ancak biz burada genom tahlili yapıyoruz. Yani PCR’daki üzere ‘var yahut yok’ halinde değil, ‘ne varsa göster’ biçiminde çalışıyoruz. Münasebetiyle varyasyon/ genom çalışmaları biraz da bunun için değerli. Yaptığınız genom çalışmalarında şayet PCR’ın çalıştığı bölgelerde bir mutasyon görürsek, evet bu PCR testleri güvenilirliğini yitiriyor diyebiliyoruz. Hasebiyle genom çalışmaları PCR temelli teşhis kitleri için de çok değerli çalışmalar.”

TÜRKİYE'NİN EN BÜYÜK GENOM ÇALIŞMALARINDAN BİRİ: KOVİD-19'DA MERAK EDİLEN O SORULARIN CEVABINI VERECEK